清华历史学科的核心机构是历史系，下设有中国古代史、中国近现代史、世界史、思想文化史等教研室，以及简帛与出土文献研究中心、经学研究中心、中国经济史研究中心、中国近代文化与现代化研究中心、国际汉学研究所、东北亚研究中心、旅游文化与文化遗产研究中心等专门研究机构。设有历史学博士点，可以招收历史学各领域的博士生、硕士生、本科生（包括外国留学生）。
历史系所在的文北楼（松山金炯珠楼）
清华大学历史系现任系主任为侯旭东教授，副主任为刘国忠教授、方诚峰副教授，主任助理为董士伟副教授；系党支部书记为张勇教授。历史系设有教授会，教授会主席为李学勤教授，副主席为王晓毅教授。
○系学术委员会
本学术委员会为清华大学历史系决策机构，举凡本系学科发展、科研、教学、人事、外事及行政等重大事项，须由本委员会讨论决定。同时，本委员会还行使对系行政班子的指导和监督之权。
○教研室
·中国古代史教研室：负责组织协调中国古代史方面的教学和学生培养工作。负责人：侯旭东教授。
·中国近现代史教研室：负责组织协调中国近现代史方面的教学和学生培养工作。负责人：张勇教授。
·世界史教研室：负责组织协调世界史方面的教学和学生培养工作。负责人：张绪山教授。
·思想文化史教研室：负责组织协调文化素质和通史课程等的教学工作。负责人：廖名春教授。
○思想文化研究所
思想文化研究所成立于1985年。建立初期，思想文化研究所直属学校领导，设有中国思想史和西方思想史两个研究室。著名学者张岱年教授、钱逊教授、李学勤教授先后担任第一任、第二任和第三任所长。著名学者何兆武教授、刘桂生教授等曾长期在所内工作。
1993年，学校成立人文社会科学学院，思想文化研究所划归其管理。2000年，随着学校文科建设的发展和机构调整，国际汉学研究所并入思想文化研究所（国际汉学研究所名称对外继续使用），原隶属于该所的历史文献专业同时并入。
2003年，思想文化研究所与历史系合并，组成新的历史系，思想文化研究所名称和建制继续保留。
现任所长侯旭东教授。
·中国经济史研究中心：主要负责组织力量开展中国经济史方面的学术研究与交流。现任主任为仲伟民教授。
·东北亚研究所：2003年由韩国金炯珠集团公司出资设立，主要负责组织力量对东北亚历史、文化、社会、政治、国际关系等开展学术研究和交流。现任中方所长为张国刚教授，韩方所长为李泰永教授。
·国际汉学研究所：主要负责收集和研究国际有关中国研究的动态和译介相关论著，以帮助国内学者及时了解相关研究的进展。现任所长为李学勤教授。
·中国礼学研究中心：主要组织协调力量对中国古代经典开展研究和整理工作。现任主任为彭林教授。
·简帛与出土文献研究中心：中心负责人为李学勤教授。
·中国近代文化与现代化研究中心：主要负责组织力量对近现代中国文化转型与现代化进程及相关领域展开学术研究。现任主任为蔡乐苏教授，副主任为董士伟副教授。
·旅游文化与文化遗产研究中心：中心主任为董士伟副教授。
