南京大学环境工程系成立于1999年，前身为1993年由张全兴院士创建的环境工程教研室。该系设有环境工程本科生专业、硕士点、环境工程和环境材料工程博士点、环境科学与工程博士后流动站；有正式教职员工30名，其中教授13人（均为博士生导师），副教授16人，其中中国工程院院士1名，教育部长江学者奖励计划特聘教授3名，国家杰出青年基金获得者1名，万人计划入选者2名，国家优秀青年基金获得者2名，教育部新世纪优秀人才6名，江苏省333工程第一梯队1人、第二梯队成员2名。
环境工程系依托环境学院理工结合的优势，在国内兄弟院系中具有鲜明的特色。教学上在强调工程专业的实践性和动手能力的同时，致力于发挥南京大学文理工科齐全的综合优势，培养功底扎实、文理融汇、视野开阔、逻辑思维和创新能力强、综合素质高的环境工程专业人才。该系课程覆盖面宽，专业课程包括水污染控制工程、大气污染控制工程、固体废弃物的处理处置和资源化、噪声控制、清洁生产、环境质量评价、环境监测、城市给排水规划、环境系统工程、环境有机分析、工程设计与施工、环境健康学。
环境工程系设有多个研究方向，涉及了当今社会主要的环境污染问题，广泛开展水、固废、气等污染控制和资源化技术的应用基础研究、技术开发与工程实践，在有机污染物控制与资源化、生物处理技术、环境功能材料、绿色化学与清洁生产、流域污染控制与环境修复、农村生活污水处理技术等领域取得了丰硕的成果。2000年我系教授作为第一完成人获国家技术发明奖、国家科技进步奖共5次，何梁何利创新奖获得者2人，省部级科技奖10多次，授权国家发明专利300多项，发表SCI收录论文600多篇。
该系国际学术交流活动频繁，与美国、欧洲以及港台等地的大学和研究机构有着广泛的合作，自08年起每年选派优秀研究生前往欧美各著名高校进行科学之旅的暑期交流。
环境保护与可持续性发展是我国的基本国策，治理环境污染已成为全社会的共识，环境工程大有用武之地。该系良好学风的熏陶和严格的科研训练，为学生日后的发展打下了良好的基础，毕业生就业途径宽，适应性强，胜任在高校、科研机构、环保部门、公司以及企业从事教学、技术开发、污染治理、工程设计等工作。
环境工程系领导主 任赵 瑜负责环境工程系学科建设、本科教学与培养、研究生教学与培养等工作
副主任张淑娟负责环境工程专业研究生教学
副主任王津南负责环境工程专业本科生教学
